В NTEGRA Prima реализовано несколько типов сканирования : сканирование по образцу, сканирование по зонду и двойное сканирование. В связи с этим multifunctional scanning probe microscope​ идеально подходит для исследования небольших образцов со сверхвысоким разрешением (атомно-молекулярный уровень), а также для больших образцов и диапазона сканирования до 100x100x10 мкм. Уникальный режим DualScan TM позволяет исследовать еще большие поля на поверхности (200x200 мкм для X, Y и 22 мкм для Z), что может быть полезно, например, для живых клеток и компонентов MEMS.

Встроенные трехосевые датчики управления с обратной связью отслеживают реальное смещение сканера и компенсируют неизбежные недостатки пьезокерамики, такие как нелинейность, ползучесть и гистерезис. Датчики, используемые NT-MDT, имеют самый низкий уровень шума, что позволяет работать с замкнутым контуром управления на очень маленьких полях (до 10x10 нм). Это особенно ценно для проведения режимов наноманипуляции и литографии.